میرنیوز
به گزارش ایسنا و به نقل از ساینسدیلی، پژوهشگران "مرکز سرطان ام.دی. اندرسون دانشگاه تگزاس"(MD Anderson Cancer Center) در تلاش برای برطرف کردن یک چالش بزرگ هنگام تحلیل پایگاه دادههای توالی آرانای، یک روش محاسباتی جدید برای تمایز قائل شدن میان دادههای به دست آمده از سلولهای سرطانی و بسیاری از سلولهای عادی که در میان نمونههای تومور یافت میشوند، ابداع کردهاند.
این ابزار جدید موسوم به "CopyKAT" به پژوهشگران امکان میدهد تا دادههای پیچیده به دست آمده از آزمایشهای توالی آرانای را که دادههای بیان ژن هزاران سلول را منتقل میکنند، سادهتر مورد بررسی قرار دهند.
"نیکلاس ناوین"(Nicholas Navin)، از پژوهشگران این پروژه گفت: CopyKAT، از دادههای بیان ژن برای بررسی وجود کروموزومهای غیرعادی استفاده میکند که در بیشتر سرطانها وجود دارند. همچنین این ابزار، به شناسایی زیرمجموعهها یا کلونهای متمایز در سلولهای سرطانی کمک میکند.
وی افزود: ما CopyKAT را به عنوان ابزاری ابداع کردهایم که اطلاعات ژنتیکی را از دادههای مربوط به رونویسی ژنتیکی استنباط میکند. ما با به کارگیری این ابزار در چندین پایگاه داده، نشان دادیم که میتوانیم سلولهای سرطانی را با حدود ۹۹ درصد دقت در یک نمونه ترکیب شده از تومور شناسایی کنیم. ما سپس گامی فراتر گذاشتیم تا زیرمجموعههای موجود را کشف کنیم و به درک تفاوتهای ژنتیکی میان آنها بپردازیم.
ناوین ادامه داد: تمایز قائل شدن میان سلولهای سرطانی و سلولهای عادی بدون یک روش محاسباتی قابل اطمینان، ساده نیست.
"رولی گائو"(Ruli Gao)، استادیار "موسسه پژوهشی هیوستون متودیست"(Houston Methodist Research Institute)، الگوریتمهای CopyKAT را ابداع کرد که با افزایش دقت و تنظیم کردن جدیدترین نسل از دادههای توالی آرانای، روشهای قدیمیتر را بهبود میبخشند.
این گروه پژوهشی ابتدا ابزار خود را به واسطه مقایسه نتایج با دادههای توالی کل ژنوم محک زدند که دقت بالا را در پیشبینی تغییرات تعداد رونوشتها نشان داد. پژوهشگران نشان دادند که CopyKAT در تشخیص سلولهای تومور از سلولهای عادی در نمونههای ترکیب شده، دقیق است.
این گروه پژوهشی در تجزیه و تحلیل نمونهها نشان دادند که ابزار آنها در شناسایی زیرمجموعههای سلولهای سرطانی درون تومور، موثر است. آنها این نتایج را در آزمایش روی سرطان پستان سهگانه منفی تایید کردند.
گائو گفت: ما با استفاده از CopyKAT توانستیم زیرمجموعههای نادری را در سرطانهای پستان سهگانه منفی شناسایی کنیم. ما امیدواریم که این ابزار برای جامعه پژوهشی مفید باشد تا به اکتشافات جدیدی در حوزه سرطان بپردازند.
این ابزار، به صورت رایگان در اختیار پژوهشگران قرار دارد. به گفته پژوهشگران، CopyKAT، برای پژوهش در مورد همه انواع سرطان کاربرد ندارد؛ برای مثال نمیتوان از آن برای بررسی سرطانهای کودکان و سرطان خون استفاده کرد.
این پژوهش، در میان "Nature Biotechnology" به چاپ رسید.
انتهای پیام
منبع : خبرگزاری ایسنا
اعضای شورای راهبری هوش مصنوعی معرفی شدند/ایجاد زیر ساخت هوش مصنوعی در دستور کار ۱۰ نهاد
آتشسوزی جنگلی موجب رشد حیات دریایی میشود!
استرس کاری ریسک بیماری قلبی را در مردان افزایش می دهد
۲.۵ میلیون ایرانی در اهدای خون مشارکت دارند
چین در شرق تهران بیمارستان هوشمند احداث می کند
راه اندازی ۶۰ هزار تخت بیمارستانی در کشور
وزارت بهداشت برای اولین بار سرایدار استخدام میکند
زمان اخذ رأی در انتخابات نظام پرستاری افزایش یافت
هوای آلوده و افزایش ریسک سرطان سینه/ درمان سوءهاضمه با زردچوبه
بیماری هزارچهره را جدی بگیریم/ عوارض بیماری سلیاک
اهمیت تولید محصولات غذایی فاقد گلوتن برای بیماران سلیاک
نشست چالشهای زنجیره تأمین دارو در ایران برگزار میشود
چگونه از ابتلا به سرماخوردگی جلوگیری کنیم
خرید اعتباری محصولات پتروشیمی به نفع صنعت دارو است
چه کسانی پرونده الکترونیک سلامت دارند
بررسی راهکارهای ورود ایران به بازار دارویی اوراسیا
جامعه پزشکی باید تخصص را همراه تعهد حرفهای داشته باشد
هفته دفاع مقدس فرصتی برای انتقال مفاهیم بهداری رزمی
نشست چالش های قیمت گذاری دارو برگزار میشود
دانش آموز بدون صبحانه مدرسه نرود/ میان وعدههای سالم
وزیر بهداشت زنگ دبیرستان شهید آوینی را نواخت
۱۰ هزار نیروی پرستاری در بخش درمان استخدام می شوند
بازدید سرزده عین اللهی از بیمارستان شفا یحیاییان
۲۲ بیمار کرونایی در یک هفته گذشته فوت شدند
داروی ایرانی از طریق صادرات به دنیا معرفی میشود
ایران دارای قویترین نظام سلامت در منطقه است
ادعای دخالت وزارت بهداشت در انتخابات نظام پرستاری رد شد
اورژانس تهران در هفته گذشته ۲۰ هزار مأموریت انجام داد
جهان امروز با کمبود آب و غذای سالم مواجه است
تایید موفقیت نخستین واکسن ایرانی کرونا